Vejen har navn efter Ny Bakkegård, der lå overfor Gammel Bakkehus på Rahbeks Allé.
Der var også en Gammel Bakkegård, der lå på hjørnet af Valby Langgade og Ny Carlsbergvej, som den gang hed Bakkegårdsvej.
Gården opstod omkring 1800 som et landsted opført af Knud Engelbrecht Langberg.
Det blev senere overtaget af konseilspræsident Carl Christian Hall (1812-1888), der har givet navn til Halls Allé.
En del af ejendommen eksisterer stadig, men med adressen Rahbeks Allé 34 (herover).
En ny hovedbygning blev opført i 1840. Den fik navnet Ny Bakkegård.
Ved siden af ligger en ejendom, hvor der fra 1917 var en fødeklinik.
På facaden sidder en plakette, hvis motiv er en kvinde med børn. Den er udført af Leif Johannesen i 1949.
Bakkegårds Allé blev anlagt i 1890’erne.
En smøge gik tidligere ud til Pile Allé.
Den er nu lukket af nyt byggeri, men er stadig et lille grønt mellemrum mellem husene.
I 1893 blev karréen (herover) på vejens østside opført. Den er i hver ende afsluttet med et tårn.
Arkitekten var Julius Bagger.
Julius Bagger var også arkitekten bag den tilsvarende karré på vestsiden, der blev bygget et par år senere.
Ved indgangen til Bakkegårds Allé 4 (herover) sidder en plade, der fortæller, at forfatterne Jeppe Aakjær og Marie Bregendahl boede i huset i to år fra 1897.