Under Besættelsen besatte tyskerne Københavns Lufthavn, som de udbyggede i løbet af krigsårene.
Allerede i perioden 1941-1943 blev der anlagt fire startbaner af cement, og slutningen af 1942 blev flere grunde i Dragør og Store Magleby belagt med servitutter vedr. indflyvningshøjde med henblik på store udvidelser.
I vinteren 1943-1944 gik man så i gang med anlæg af en otte km lang og 12 m bred “rullebane”, som forbandt lufthavnen med en række parkeringspladser og hangarer for fly.
Disse flyskjul lå spredt på det sydlige Amager, så man sikrede at de flyene blev spredt over så stort et område som muligt, så man mistede så få fly, som muligt i tilfælde af luftangreb.
Der blev også igangsat store bygningsarbejder sydøst for Store Magleby Skole, hvor de tyske myndigheder havde beslaglagt ca. 40.000 m² jord.
Her begyndte man i februar 1944 at opføre en kæmpemæssig hal, der fik navnet Werft Magleby. Hallen skulle bruges til flyreparationsværksted, og blev sat i forbindelse med rullebanen.
Hallen blev bygget af den tyske Organisation Todt. Anlægget var dog ikke færdigt ved befrielsen.
Omkring befrielsen i 1945 kom tyske flygtninge i stort tal til Danmark. De blev indkvarteret dels i eksisterende bygninger, dels i lejre.
I Store Magleby blev der indrettet en lejr i Werft Magleby med 1200 sovepladser i den store reparationshangar og i seks nyopsatte barakker. Denne lejr blev først lukket i maj 1947, hvorefter forsvaret overtog bygningerne.
Efter krigen benyttede Forsvarets Materielkommando hallen til lager og magasin. Da den i slutningen af 1960’erne flyttede sine aktiviteter udenfor København, blev hallen sat til salg.
I 1968 blev bygningskomplekset overtaget af Store Magleby Kommune for 275.000 kr. Kommunen ombyggede hallen til idrætscenter, som åbnede i 1973.
I 1978 blev der forbindelse med hallen bygget en svømmehal og i 1979 blev der indrettet bibliotek i en tilbygning. Svømmehallen er erstattet af en nyopført hal, mens biblioteket er lukket.
På hallens facade blev der i forbindelse med renovering opsat en udsmykning, der forestiller et fly. Det er dog ikke et fly, der har haft tilknytning til hallen, men et dansk ambulancefly. Lokalt ønskede man nemlig ikke at hallen skulle minde om krigshistorien.
