Vejen er opkaldt efter ejendommen Ny Skelgård, der lå, hvor vejen går i dag.
Gården lå nærmest i skellet mellem Tårnby Kommune og Københavns Kommune, der går lige nord for vejen.
En ældre gård på stedet, som blot hed Skelgård, nedbrændte i 1895.
Bebyggelsen på vejen begyndte formentlig i 1920’erne.
På den vestlige del af gården jorder, blev der i begyndelsen af 1990’erne opført en boligbebyggelse på bl.a. vejene Rødehøj og Jonshøj.
På hjørnet af Ny Skelgårdsvej og Amager Landevej står en milepæl, der markerer ½ mil fra København.
