Vejen er opkaldt efter Møllegård, der lå her. Gården var flyttet ud fra Emfrup landsby i 1834. Den havde sikkert haft forbindelse med en mølle, der blev drevet af vandet, som blev stemmet op i Emdrup Sø
Møllegård brændte i 1903.
På dens jord blev anlagt det store orkidégartneri, som var drevet af gartner Waterstradt.
Møllegårdsvej eksisterede i slutningen af 1800-tallet og var adgangsvej til nogle ejendomme ved Emdrup Sø.
Navnet Møllegårdsvej er fra omkring 1917.
