Oprindeligt var landsbyen Kastrup en del af Tårnby sogn. I 1918 blev Kastrup udskilt som et selvstændigt sogn.
I slutningen af 1800-tallet fik byen flere indbyggere, ikke mindst på grund af de industrivirksomheder, der blev etableret her.
Derfor blev der i 1882 taget initiativ til at bygge en ny kirke i Kastrup. Det var en grossererfrue, der var leder af en missionskreds, som satte arbejdet i gang.
Grundstenen blev lagt i 1882, og to år senere åbnede den nye kirke ved Kastruplundgade.
Den blev tegnet af arkitekten Philip Smidth (1855-1938). Altertavlen blev udført af skibskaptajn Hans Chr. Nielsen. Den er senere flyttet til kirkens menighedslokaler. Lokale fiskere skænkede et kirkeskib, som de kom bærende med i procession.
Kirkens oprindelige tårn blev fjernet i forbindelse med en større ombygning i begyndelsen af 1970’erne. I dag har kirken et fritstående klokketårn mod nord.
Billedkunstneren Svend Wiig Hansen (1922-1997) udsmykkede i forbindelse med ombygningen kirken indvendigt.
I forbindelse med kirken blev der i 1924 en legatbolig for menigheden (til venstre på billedet herover).
I 1904 blev Kastrup Kirkegård anlagt ved Kastrupvej.