Den første kirke her blev formentlig opført i 1200-tallet under navnet Sankt Peder. Den var muligvis sognekirke for den forsvundne landsby Serridslev, hvis jord strakte sig ind til den nuværende indre by i København.
Kirken var i middelalderen den ene af Københavns fire kirker. De øvrige var Sankt Clemens Kirke, Sankt Nikolaj Kirke og Vor Frue Kirke.
I 1304 nævnes Sankt Peder som filialkirke til Vor Frue Kirke.
Tårnrum, kor og skib er formentlig fra omkring 1450 og kirken er dermed den ældste, bevarede i det indre København.
Ved Reformationen blev kirken nedlagt og i en periode brugt som kanonstøberi.
I 1500-tallet kom mange tyskere til København. Som en følge af reformationen, fik menighederne lov at bruge deres modersmål som kirkesprog, og i 1575 blev oprettet en tysk menighed i København
Denne menighed fik i 1585 overladt den “overskydende” kirke i byen og den kaldes nu Sankt Petri Kirke. Kirken har ikke et omliggende sogn, men fungerer endnu i dag som kirke for den tyske menighed i København.
Kirken er i dag underlagt Slots- og Kulturstyrelsen.
Bygmester Hans van Steenwinckel (den ældre) (1550-1601) gav den sit nuværende udseende ved en ombygning.
Flere udvidelser måtte til i 1600-tallet, ikke mindst fordi der kom mange tyske håndværkere til byen i forbindelse med kong Christian den 4.’s byggerier. Fra denne tid stammer kirkens to sideskibe.
Ved den store bybrand i 1728 blev kirken hårdt ramt, men genopbygget under ledelse af bygmester Johan Cornelius Krieger. Byggeriet blev blandt andet finansieret gennem indsamlinger i Tyskland.
Tårnet fik ved denne lejlighed er spir. Det var måske Johan Boye Junge (1735-1807) der tegnede spiret, eller måske var det Nikolaj Eigtved (1701-1754), der selv ligger begravet ved kirken.
Den store indgangsportal ud mod kirkens gård, er opført i 1731 efter tegning af hofbilledhugger Didrik Gercken (1692-1748), der også udførte andre billedhuggerarbejder i kirken.
Under englændernes bombardement af København i 1807, lykkedes det at redde kirken – ikke mindst fordi graveren lagde våde klude på de steder, hvor brandbomberne ramte.
I 1860’erne gennemgik kirken en større restaurering ved arkitekt H. C. Stilling.
Kirkens altertavle er udsmykket med et maleri, der er udført af Johan Ludvig Lund i 1819.
Hendrick Krock (1671-1738) har udført to malerier, der hænger i kirken, bl.a. “Kristi Himmelfart” (herunder).
I kirken er der flere glasmalerier, som bl.a. er udført af den tyske kunstner Otto Linnemann.
Ved siden af kirken ligger et anseeligt gravkapel (herover). Det blev opført 1681-83 og var ikke kun beregnet for de fornemste i menigheden, men for alle dens medlemmer.
Arkitekten bag kapellet menes at være Hans van Steenwinckel den 3. (1639-1700).
Kapellet blev udvidet i 1739.
Kapellerne er særlige ved, at kisterne er lagt i krypter under gulvet. Enkelte prominente afdøde har deres egne sidekapeller, der er aflukket med smedejernsgitre.
Kirken har dog også haft begravelser udenfor, dels på den almindelige kirkegård, dels på den særlige fattigkirkegård, som lå ud mod Larslejsstræde. Indtil begyndelsen af 1900-tallet strakte kirkegården sig længere mod nord langs Nørregade.
Ud mod Sankt Peders Stræde blev der i 1819 opført en præstegård (herover). Arkitekten var J. A. Meyer.
Ved præstegården står Niels Hansen Jacobsens skulptur “Døden og moderen” fra 1903 (herunder).
Bag kirken står Henrik Starckes skulptur “Peter med hane” fra 1924 (herunder).
