Vejen er opkaldt efter marinens krudtmølle, der lå her i årene 1808-1814.
Krudtet har formentlig skulle bruges til de kanonbåde, som blev indrettet efter englænderne havde beslaglagt flåden i 1807.
Krudtmølle blev nok lagt uden for bebyggede områder af sikkerhedsgrunde.
Efter kortet herunder (fra 1814) at dømme, blev der ikke alene fremstillet krudt, men også raketter.
Efter krudtmøllens nedlæggelse, lå her en gård, der hed Gammel Krudtmøllegård.
Gårdens hovedbygning ud mod Kastrupvej blev senere brugt af en halmvarefabrik.
Mellem Krudtmøllegårds Allé og Ahrenkildes Allé opførte Byggeforeningen Broderskabet omkring 1903 48 huse.
De var tegnet af arkitekten Lars Hansen og havde hver to 3-værelses lejligheder.