Gaden lå i 1600-tallet nord for Københavns gamle bydel, i det område som kaldtes Ny-København.
På trods af navnet var det ikke borgerskabet, der boede her. Kvarteret fik – sammen med bl.a. Adelgade – mere præg af et slumkvarter. De store bybrande i 1700-tallet ramte ikke dette område, så bebyggelsen blev ikke fornyet, som i den indre by.
Derfor var Borgergade-kvarteret i 1800-tallet præget af gamle og nedslidte huse. Mange havde udvendige trapper og svalegange.
I takt med at f.eks. håndværkere i stigende grad flyttede til brokvartererne efter midten af 1800-tallet, blev befolkningen især præget af fattige, prostituerede og kriminelle. Her var såvel lovlige værtshuse som smugkroer.
Folk boede tæt, og i begyndelsen af 1900-tallet regnede man med, at Borgergade-kvarteret havde 6.000 indbyggere.
I 1865 åbnede en offentlig badeanstalt i Borgergade. Den var én af byens første.
I 1930’erne og frem til 1950’erne begyndte saneringen af kvarteret og i dag er der intet tilbage af fortidens slum. Syd for Klerkegade har Borgergade udelukkende nyere bebyggelse.
I Borgergade 16 lå bogtykkeriet F. E. Bording A/S. Det var grundlagt i første halvdel af 1800-tallet og havde tidligere ligget i Nybrogade.
Ved Gernersgade ligger den tidligere Søetatens Pigeskole. Bygningen er tegnet af arkitekt Bernhard Seidelin (1820-1863) og opført i 1858 som skole for pigerne i Nyboder. Fra slutningen af 1860’erne blev den i stedet brugt som kadetskole.
Efter 2. Verdenskrig blev anvendt af Søværnskommandoen og fra 2003 overgik bygningen til fonden Realdania, der har indrettet den til Bygningskulturens Hus.