Gaden lå i 1600-tallet nord for Københavns gamle bydel, i det område som kaldtes Ny-København.
På trods af navnet var det ikke borgerskabet, der boede her. Kvarteret fik – sammen med bl.a. Adelgade – mere præg af et slumkvarter.
Der var dog også mere præsentable ejendomme, f.eks. den kongelige møntmester Gregorius Sessemanns gård i Borgergade 25.
Huset var fra 1683 og opført i bindingsværk. Men for at gøre det mere fornemt, blev facaden farvestrålende malet, så huset så ud som om det var bygget af sten. Indvendigt fik huset i 1720’erne en stor trappe i træ, men den blev bemalet, så den mindede om marmor.
Gården var bolig for møntmesteren og hans familie, mens selve møntfremstilling foregik i en bygning bagved.
Huset blev ombygget og indrettet med flere lejligheder og butikker. Med tiden forfaldt den fine ejendom, og ved saneringen af kvarteret omkring Borgergade, besluttede man at bevare bygningen.
Før saneringen blev gården nedtaget og planen var, at den sammen med andre bevaringsværdige bygninger, skulle indgå i et frilandsmuseum i København.
Det blev dog aldrig til noget, og møntmestergården blev genopført i 2009 i Den Gamle By i Århus.
De store bybrande i 1700-tallet ramte ikke dette område, så bebyggelsen blev ikke fornyet, som i den indre by.
Derfor var Borgergade-kvarteret i 1800-tallet præget af gamle og nedslidte huse. Mange havde udvendige trapper og svalegange.
I takt med at f.eks. håndværkere i stigende grad flyttede til brokvartererne efter midten af 1800-tallet, blev befolkningen især præget af fattige, prostituerede og kriminelle. Her var såvel lovlige værtshuse som smugkroer.
Folk boede tæt, og i begyndelsen af 1900-tallet regnede man med, at Borgergade-kvarteret havde 6.000 indbyggere.
I 1865 åbnede en offentlig badeanstalt i Borgergade. Den var én af byens første.
I 1930’erne og frem til 1950’erne begyndte saneringen af kvarteret og i dag er der intet tilbage af fortidens slum. Syd for Klerkegade har Borgergade udelukkende nyere bebyggelse.
En del af det byggeri der erstattede det gamle, var boligkomplekset Dronningegården (se nærmere under Dronningens Tværgade).
I Borgergade 16 lå bogtykkeriet F. E. Bording A/S. Det var grundlagt i første halvdel af 1800-tallet og havde tidligere ligget i Nybrogade.
Ved Gernersgade ligger den tidligere Søetatens Pigeskole. Bygningen er tegnet af arkitekt Bernhard Seidelin (1820-1863) og opført i 1858 som skole for pigerne i Nyboder. Fra slutningen af 1860’erne blev den i stedet brugt som kadetskole.
Efter 2. Verdenskrig blev anvendt af Søværnskommandoen og fra 2003 overgik bygningen til fonden Realdania, der har indrettet den til Bygningskulturens Hus.