Tugt- og Børnehuset blev oprettet 1605 med forbillede i det nederlandske Amsterdam Tuchthuis fra 1595.
Formålet var dels at anbringe lediggængere og uddanne dem til håndværkere, dels at skabe en statslig produktion af klæde. Desuden optog man omstejfende gadebørn.
Institutionen lå i sit første år ved Helligåndshuset i Københavns Indre by, men flyttede i 1660’erne til Christianshavn.
Her kom det til at ligge på det nuværende Christianshavns Torv. Det blev i starten brugt til vanartede, ulydige ogforældreløse børn, men senere også brugt til tyve, tiggere og kvinder. Herefter fik det karakter af en tvangsarbejdsanstalt, hvor man bl.a. producerede tøj til militæret.
1739-1741 opførtes en ny bygning, hvor der også blev indsat mandlige fanger. Der opførtes også et rasphus, hvor fangerne raspede farver af forskellige træsorter. Det var et arbejder, der var yderst skadeligt for lungerne.
Forholdene for de indsatte var meget ringe, og f.eks. blev der serveret mad, som var uegnet til menneskeføde. For at skylle maden ned, kunne fangerne købe brændevin.
I 1790 blev der ikke længere indsat børn i fængslet, der nu skiftede navn til ”Tugt-, rasp- og forbedringshuset”.
I 1817 lavede fangerne oprør og brændte bygningen af. Flere af oprørerne blev henrettet. De øvrige fanger blev indsat i Søkvæsthuset, der fungerede som nødfængsel. Nogle af oprørerne blev henrettet.
Bygningen blev genopført i begyndelsen af 1860’erne. Som en slags anneks, blev der i Sankt Annæ Gade opført en arrestbygning, hvor Veterinærskolen tidligere havde ligget.
”Børnehuset” eksisterede helt frem til 1928, hvor det blev nedrevet og erstattet af den nuværende bygning på hjørnegrunden, som kaldes ”Lagkagehuset”.
Institutionen har givet navn til Børnehusbroen som fører Torvegade over Christianshavns Kanal.