Den første havn ved Kastrup var muligvis en skibsbro, hvorfra der blev sejlet kreaturer til >Saltholm. Skibsbroen nævnes i midten af 1600-tallet.
En egentlig havn blev anlagt i forbindelse med Kastrup Værk i midten af 1700-tallet.
I 1800-tallet blev den omdannet industrihavn, der betjente fabrikkerne langs Amager Strandvej.
Havnen blev f.eks. brugt at Kastrup Glasværk (se artiklen om Ved Havnen).
Amagerbanen havde et havnespor, der udgik fra stationen i Kastrup.
Dansk Svovlsyre- og Superphosfatfabrik fik dog sin egen havn, den såkaldte “Syrebro”.
For at kunne overføre kreaturer til Saltholm ude i Øresund, blev der desuden bygget en anløbsbro for enden af Skøjtevej. Vejen har sit navn efter skøjter, som var de fartøjet, der sejlede med kreaturerne.
I 1830’erne begyndte folk fra Kastrup at fiske fra havnen. I 1865 blev Kastrup Broforening stiftet med der formål at bygge en fiskerihavn.
Det var ikke mindst rejer, der blev fisket efter. Rejerne var talrige omkring Saltholm og kunne afsættes på fiskemarkedet ved Gammel Strand i København.
Fra 1958 til omkring 1970 var der færgefart til Sverige fra Kastrup Havn. Det var bilfærgen “Hanne Kruse”, ser sejlede og senere færgen “Kastrup”.
Ruten blev meget populær, dels fordi den trafikmæssigt var nem at komme til fra den nye vejforbindelse over Sjællandsbroen, dels fordi der kunne købes toldfrit ind ombord.
I 1989 opstod nye færgeruter med luftpudebåde fra Kastrup til Malmø og Rønne, men de fik ikke nogen lang levetid.