Emdrupgård var tilhørte oprindeligt kongen, men overgik i middelalderen biskoppen i Roskilde. I 1300-tallet hørte den under gården Hjortholm ved Furesøen.
Efter reformationen i 1536 overgik gården til kongen, der gav den videre til borgmester i København, Peder Villadsen. Han delte den i fire gårde, som tilsammen udgjorde Emdrup landsby.
Med indførelsen af enevælden i 1660 blev Emdrupgård igen én samlet gård,
Senere blev gården privat ejendom, og tilhørte en række forskellige ejere. Blandt dem var en sekretær i Danske Kancelli, Christian Mønnichen, som opførte en ny bygning og anlagde en smuk have omkring den.
I 1730’erne boede flere grevinder på Emdrupgård, og fra 1742 den sjællandske biskop Peder Hersleb.
I 1800-tallet var Emdrupgård nærmest et landsted, der også kaldtes “Annaslyst”. Det bl.a. blev brugt af ejeren af Hotel d’Angleterre i København.
Fra 1872 blev gården overtaget af seminarieforstander Jeppe Tang, der drev Blågård Seminarium. Han oprettede en folkehøjskole, der senere blev til Emdrupborg.
Emdrupgårdsvej har dog ikke fået sit navn efter den oprindelige Emdrupgård, men efter en udflyttet gård med samme navn, der lå på hjørnet af Emdrupvej og Frederiksborgvej.