Emdrupgård var tilhørte oprindeligt kongen, men overgik i middelalderen biskoppen i Roskilde. I 1300-tallet hørte den under gården Hjortholm ved Furesøen.
Efter reformationen i 1536 overgik gården til kongen, der gav den videre til borgmester i København, Peder Villadsen. Han delte den i fire gårde, som tilsammen udgjorde Emdrup landsby.
Med indførelsen af enevælden i 1660 blev Emdrupgård igen én samlet gård,
Senere blev gården privat ejendom, og tilhørte en række forskellige ejere. Blandt dem var en sekretær i Danske Kancelli, Christian Mønnichen, som opførte en ny bygning og anlagde en smuk have omkring den.
I 1730’erne boede flere grevinder på Emdrupgård, og fra 1742 den sjællandske biskop Peder Hersleb.
I 1800-tallet var Emdrupgård nærmest et landsted, der også kaldtes “Annaslyst”. Det bl.a. blev brugt af ejeren af Hotel d’Angleterre i København.
Fra 1872 blev gården overtaget af seminarieforstander Jeppe Tang, der drev Blågård Seminarium. Han oprettede en folkehøjskole, der senere blev til Emdrupborg (se nærmere i artiklen om Emdrupvej).
Emdrupgårdsvej har dog sit navn efter en udflyttet gård, der lå på hjørnet af Emdrupvej og Frederiksborgvej.