Allerede i 1600-tallet havde man i København forskellige naturhistoriske samlinger og midt i 1700-tallet fik Københavns Universitet et egentligt zoologisk museum. Samlingen blev bl.a. opbevaret i Det holsteinske palæ i Stormgade.
Samlingen bestod af en blanding af rariteter med tilknytning til dyreverdenen.
I 1860’erne begyndte man opførelsen af en særskilt bygning for museet, som kom til at ligge i Krystalgade, men i tilknytning til universitetskomplekset ved Frue Plads.
Det var en af de første bygninger i Danmark, der fra starten var opført til museumsformål.
Bygningen blev tegnet af arkitekten Christian Hansen (1803-1883).
På facaden sidder dyrehoveder, der fortæller om museets funktion.
For første gang fik samlingen et dobbelt formål, idet den både stod til rådighed for forskningen på universitetet og var åbent for publikum.
Det var især professor Japetus Steenstrup (1813-1897) (herover), der stod for museets indretning.
På første sal anbragte han pattedyrene, krybdyr, fugle og padder. I stueetagen fandtes hvirvelløse dyr og fisk.
I den store midterhal blev der opstillet store skeletter af f.eks. elefanter og giraffer.
Hvalerne var der dog ikke plads til, så de blev udstillet i en sidebygning.
I 1960’erne flyttede museet til nye bygninger ved Nørre Allé.
Den store sal i museets bygning, bruges nu af Københavns Universitets administration.
I museets gård er opstillet Jørgen Haugen Sørensens skulptur “De glatte prøver” fra 1985.
