Kirken er den ældste bygning på Amager. Det ældste dokument, hvor den omtales, er fra 1186.
I 1100-tallet havde kirken formentlig et bredt tårn mod vest.
Til kirken har der i middelalderen hørt en stormandsgård, der lå lidt syd for. Se nærmere under Borgbygårds Allé.
Stormanden var bonde som de øvrige i landsbyen, men havde en fremtrædende status og dyrkede nok mere jord end de øvrige. I kirken var der et særligt herskabsgalleri til ham og hans familie.
Under svenskekrigene i 1650’erne undgik kirken at blive brændt ned, og historien fortæller, at det var takket være præsten Hans Jæger, der fortsatte sin prædiken mens svenskerne trængte ind i kirken. Se mere under Hans Jægers Vænge.
Kirken er indvendigt udsmykket med kalkmalerier og med freskoer, som er udført af Joakim Skovgaard.
Ved siden af kirken ligger præstegården (herunder), hvor en del stammer fra 1700-tallet.
En lokal tradition siger, at præstegården blev bygget af sten fra det nedbrudte Hirschholm Slot i Nordsjælland.