Kirken har sit navn efter profeten Samuel, der kendes fra Det Gamle Testamente.
Den blev opført i Thorsgade i årene 1924-1932 og var tegnet af arkitekten Carl Frederik Schiøttz (1878-1957).
Kirken blev en aflastning for det store sogn, som Kingos Kirke dækkede.
Samuels Kirke lukkede som folkekirke i 2013 og bygningerne blev omdannet til omkring 50 ungdoms- og familieboliger.