Strædet hed nok en gang Sankt Gjertruds en gang, og selv et moderne gadeskilt kan respektere tidligere tiders måde at stave på.
Gaden har eksisteret siden middelalderen, og har navn efter et herberg (eller hospital) og et kapel, der var viet til Sankt Gertrud. Kapellet nævnes i 1440’erne, og hospitalet i 1520’erne.
Gertrud var abbedisse i et fransk nonnekloster i 600-årene. Hun var kendt både som kirkebygger og for hendes godgørenhed overfor de syge, og derfor blev hun kåret som helgeninde.
Sankt Gertruds kapel lå på hjørnet af Kultorvet og Sankt Gertruds Stræde, men blev formentlig nedlagt i 1530’erne, hvor det blev lagt sammen med Helligåndshuset.
Til kapellet hørte også en kirkegård, og her lå et rettersted, hvor kong Christian den 2.’s lensmand, Torben Oxe, blev henrettet i 1517, fordi han var anklaget for at have myrdet kongens elskerinde, Dyveke.
En del af gadens huse er opført efter bybranden i 1728 og er blevet fredet.
I Sankt Gertruds Stræde voksede opfinderen Christian Sørensen (1818-1961) op. Han arbejdede for Bianco Lunos trykkeri, og her opfandt han en automatisk sættemaskine, som lettede arbejdet med at finde typerne til den tekst, der skulle trykkes.
Maskinen blev udstillet på verdensudstillingen i Paris i 1855, men desværre for Christian Sørensen tjente han aldrig penge på sin opfindelse.