Gaden er opkaldt efter Henrik Gerner (1742-1787), der var officer og skibsbygger på flådeværftet på Holmen.
Gernersgade har tidligere haft en række andre navne: Nygade, Hundegade, Elsdyrgade og Meriangade.
Oprindeligt lå der i Gernersgade de klassiske Nyboder-længer, men de blev revet ned i midten af 1800-tallet. I stedet blev der vest for Kronprinsessesgade opført boliger for Arbejdernes Byggeforening. Det er de forskelligt farvede huse, der ses på billeder herover.
Mellem Kronprinsessegade og Borgergade ligger på den nordlige side ligger huse, der er opført i 1890’erne (herunder). De er tegnet af arkitekten Olaf Schmidth (1857-1927).
Ved Sankt Pauls Plads ligger nogle af de sidst opførte huse i Nyboder.
