Gaden er opkaldt efter Henrik Gerner (1742-1787), der var officer og skibsbygger på flådeværftet på Holmen.
Jens Juels portræt af fabriksmester og kommandørkaptajn Henrik Gerner. 1785 (Tilhører SMK).
Gernersgade har tidligere haft en række andre navne: Nygade, Hundegade, Elsdyrgade og Meriangade.
