Gaden er opkaldt efter Henrik Gerner (1742-1787), der var officer og skibsbygger på flådeværftet på Holmen.
Gernersgade har tidligere haft en række andre navne: Nygade, Hundegade, Elsdyrgade og Meriangade.
Mellem Kronprinsessegade og Borgergade ligger på den nordlige side ligger huse, der er opført i 1890’erne (herunder). De er tegnet af arkitekten Olaf Schmidth (1857-1927).
