Gaden har navn efter planten Krusemynte. Flere andre gader i kvarteret omkring Nyboder er opkaldt efter blomster eller urter.
Krusemyntegade er anlagt i midten af 1600-tallet.
Her lå dengang de oprindelige Nyboder-huse, men i 1870’erne blev de revet ned og erstattet af toetages arbejderboliger, efter samme mønster som i Kartoffelrækkerne.
De blev da også tegnet af Kartoffelrækkernes arkitekt, Frederik Bøttger (1838-1920). Efter en renovering, er husene malet i forskellige farver.