Vejen førte tidligere fra Nørrebrogade til en mølle, der lå i det åbne land ud mod fællederne.
En større dampmølle lå i 1800-tallet ved vejens sydside mellem Guldbergsgade og Nørre Allé.
Før Jagtvej blev anlagt i midten af 1700-tallet, blev Møllegade brugt af de kongelige jagtselskaber når de skulle fra Københavns Ladegård til Vibenshus.
Efter anlægget af Mosaisk Nordre Begravelsesplads ved Møllegade i 1694, kaldtes vejen i folkemunde Jødevejen.
Den har også heddet Sandgravsvejen, fordi den var adgangsvejen til den sandgrav, der lå i området, hvor De Gamles By ligger i dag.
I Møllegade ligger Bethaniakirken (billedet herunder), der er opført i 1892 som kirke for metodistsamfundet. Arkitekterne var H. Hagemann og K. Arne Petersen.
I 1990’erne flyttede metodisterne og kirkebygningen bruges i dag af kulturinstitutionen Litteraturhaus.
I 1878 åbnede en afdeling af Haandværkerforeningens boliger for ældre medlemmer under navnet Alderstrøst (billedet herover). Der var i forvejen et tilsvarende på Nørrebrogade.
Overfor Alderstrøst blev der under 1. Verdenskrig oprettet et folkekøkken, hvor de fattige på Nørrebro kunne få et billigt måltid mad. Folkekøkkenet eksisterede helt frem til 1976.