Indtil 1620’erne blev Københavns Toldbod flyttet ud fra byens gamle havn ved Slotsholmen.
Dermed opstod Søndre og Nordre Toldbodsplads. Den søndre blev senere til Larsens Plads, mens den nordre i 1800-tallet dels rummede toldboden, dels administrationsbygningen for Københavns Havnevæsen, der stadig ligger ved indgangen til Nordre Toldbod fra Esplanaden.
Havnevæsenets administrationsbygning er opført i 1868 og tegnet af arkitekterne Vilhelm Dahlerup (1836-1907) og Frederik Bøttger (1838-1920). Bygningen er inspireret af et palads i Firenze. I 1939 blev den førhøjet med to etager.
Administrationsbygningen bruges i dag af selskabet By og havn.
Nord og syd for ligger indkørselsporte. Den nordlige kaldes kongeporten og var flankeret af to små vagtbygninger med statuer af Merkur og Neptun – handelens og søfartens guder – udført af billedhuggeren Carl Christian Peters (1822-1899).
På Esplanaden, bag havnevæsenets bygning, ligger Søkortarkivet og den tidligere kontorbygning for rederiet C. K. Hansen.
Ved Nordre Toldbod ligger en modtagelsestrappe af granit, der er anlagt i 1848 for at især kongelige gæster kunne gå i land her.
Særligt i kong Christian den 9’s tid kom mange udenlandske statsoverhoveder til København og i små fartøjer (chalupper) sejlet ind til trappen.
I 1905 opførtes to modtagelsespavillioner ved Nordre Toldbod. De er muligvis tegnet af arkitekten Osvald Langballe (1859-1930).