Tidligere hed gaden Nikolaj Kirkestræde eller Lille Kirkestræde, men fik fra 1679 sit nuværende navn.
Gaden er opkaldt efter gæstgivergården Fortunen, der lå i Fortunstræde 7 på hjørnet af gaden Ved Stranden. I 1750 kaldtes stedet Den Gyldne Fortun, som også i nyere tid har været navnet på en restaurant her.
Over indgangsdøren på hjørnet sidder et relief, der forestiller guden Fortuna.