Gaden hed fra Christianshavns grundlæggelse i 1600-tallet Prinsensgade.
For at undgå forveksling med Prinsensgade, der løb mellem Adelgade og Borgergade, blev gaden på Christianshavn omdøbt i 1859.
I Prinsessegade ligger flere skoler, bl.a. Christianshavns Gymnasium og Christianshavns Skole.
I Prinsessegade 62 lå fra første del af 1800-tallet en tobaksfabrik, drevet dels af E. Nobel og senere af Brdr. Braun. Bygningerne bruges i dag af Christianshavns Gymnasium.