Siden grundlæggelsen af Danmarks flåde i begyndelsen af 1500-tallet, havde København haft et flådeværft på Bremerholm, tæt på den indre by og Slotsholmen.
På flådeværftet var der mange brandfarer, så man ville gerne flytte det udenfor byen. Samtidig var der – i takt med udbygningen af flåden efter svenskekrigene i midten af 1600-tallet – behov for mere plads.
Derfor forelog admiral Niels Juel, at man anlagde en ny flådehavn i farvandet udenfor Københavns Toldbod og Kastellet.
Den spæde start på anlægget af flådehavnen på Nyholm på et kort fra slutningen af 1600-tallet.
I 1690’erne var man så langt med inddæmning og opfyldning, at det første skib kunne søsættes fra det nye flådeværft.
Op gennem 1700-tallet voksede værftet, som i begyndelsen bestod af de to kunstige øer Nyholm og Christiansholm. De lå med en halv kilometer imellem sig, men blev efterhånden føjet sammen af nogle aflange, kunstige øer. Her blev placeret de bygninger, som var nødvendige for at kunne udruste skibene, ligesom de var blevet i det gamle Søarsenal på Slotsholmen.
De to oprindelige øer på Holmen, Christiansholm længst til venstre og Nyholm til højre. I mellem dem de to arsenaløer, der blev anlagt i 1750’erne. Udsnit af kort fra 1757.
Arsenaløen og Frederiksholm var færdigbygget i 1750’erne. På øerne blev opført meget lange bygninger, tegnet af arkitekten Phillip de Lange (1700-1766).
I slutningen af 1700-tallet blev Nyholm yderligere udvidet og i 1800-tallet blev Arsenaløen og Frederiksholm også gjort væsentligt større. Endelig blev der anlagt en ny ø, Dokøen, udenfor Frederiksholm.
Omkring 1860 flyttedes de sidste dele af den gamle flådehavn til Holmen. Derfor blev der i disse år opført en større mængde nye bygninger, bl.a. de store smedjer på Frederiksholm.
I dag bruger Forsvaret stadig nogle bygninger på Holmen, men mange andre er i dag i brug til civile formål. Dels har en række uddannelsesinstitutioner til huse på Frederiksholm, dels er der indrettet boliger i nogle af bygningerne. Der er også kommet nye bygninger til, dels boligbyggeri, dels >Operaen, der ligger yderst mod havnen overfor Frederiksstaden.
Ved siden af Holmens hovedvagt “Under Kronen” ligger batteriet Sixtus, som anvendes til afgivelse af salut ved officielle lejligheder. Her står “Rigets Flag” på flagbastionen. Rigets flag hejses ved solopgang og nedhales ved solnedgang under afgivelse af et kanonskud fra Sixtus. Rigets flag er kun på halv stang langfredag eller når monarken afgår ved døden.
På Nyholm ligger en række ældre bygninger, der er opført til de helt særlige funktioner, man har haft brug for til flådefartøjernes udrustning og vedligeholdelse. F.eks. ligger der her nogle anseeligt store bindingsværkshuse, der har været brugt til opbevaring af skibenes rigning m.m., når de blev lagt op om vinteren.
Billedet herover viser Spanteloftshuset, hvor man fremstillede de trækonstruktioner, som skibene blev bygget af. Endvidere havde man tegninger til spanterne på loftsetagen. Huset er opført i 1740’erne. Udenfor huset ses en stor spærrebom, som var beregnet til at binde de tove fast i, som skulle bremse skibene under stabelafløbning fra de dokker, der lå overfor og ud mod havnen.
Når skibene skulle udrustes med master, blev de hejst på plads med den kæmpemæssige mastekran. Den blev opført omkring 1751 og er tegnet af Phillip de Lange. Kranen er en yderst solid konstruktion, der er bygget til at håndtere de tunge master.