Vejen er opkaldt efter det område på Ydre Østerbro, som i 1600-tallet blev stillet til rådighed for københavnske borgere.
Senere kom området til at hedde Bryggervangen.
Langs vejen gik tidligere et jernbanespor til Københavns Frihavn, og vejen hed derfor en overgang Langs Frihavnsbanen. I begyndelsen af 1920’erne blev sporet flyttet længere nordpå og i dag går en cykelstiforbindelse, hvor det lå.
Oprindeligt gik Borgervænget helt frem til Strandvejen, men den østlige del blev i 2016 omdøbt til Sibeliusgade.
Mellem Borgervænget og Vognmandsmarken lå indtil 1950’erne en række 2-etages huse, der blev brugt som husvildeboliger.
Ved Borgervænget blev i 1930’erne opført et ortopædisk hospital (Se nærmere i artiklen om Hans Knudsens Plads).
Bag hospitalets bygninger er opført en nyere fløj (herunder), der bruges af Region Hovedstaden.
