Mange gader denne del af Østerbro har navne efter danske øer. Masnedø ligger i farvandet mellem Sjælland og Falster.
Masnedøgade blev anlagt omkring 1910. I de første år hed den Agersøgade, men navnet blev ændret i 1943 på grund af risikoen for forveksling med Arresøgade.
En del af vejen mellem Tåsingegade og Nygårdsvej hed indtil 1922 Max Müllers Vej.
Masnedøgade har haft en del industrivirksomheder og flere industribygninger eksisterer stadig.
I Masnedøgade 20 (herover) ligger f.eks. bygninger, der har været brugt af firmaet Nestlé Nordisk Aktieselskab, der fremstillede dåsesmør.